Los circuitos electrónicos aumentan cada vez más su complejidad, incluso en los proyecto más pequeños. Para facilitar la gestión de los esquemas complejos, ISIS incorpora la gestión de diseños multihojas, es decir, permite repartir un esquema electrónico en varias hojas de papel de forma rápida y cómoda. 
 
Por añadidura, la potencia de Proteus para la gestión de esquemas complejos se pone de manifiesto con la técnica de los diseños jerárquicos. El diseño jerárquico consiste en definir un particular componente como un módulo formado por un determinado esquema electrónico todo lo complejo que deseemos. El componente particular se comportará de acuerdo con el esquema asociado.
 
Ejemplo diseño jerárquico
 
En la figura anterior podemos ver un ejemplo. El amplificador operacional 741 se ha definido como un módulo al que hemos asignado el correspondiente esquema electrónico. En cualquiera de nuestros diseños podemos utilizar dicho módulo 741 y lo conectaremos al resto de los componentes que forman nuestro esquema por medio de los pines definidos. A partir de ese momento, Proteus sustituirá ese módulo por el esquema representado. 
 
Si situamos el ratón encima del módulo y pulsamos CTRL-C podremos ver en cualquier momento el circuito representado por dicho módulo. 
 
Gestor de múltiples hojas de diseño
 
Evidentemente, a lo largo de nuestro diseño, podemos utilizar el módulo tantas veces como deseemos y Proteus gestionará automáticamente su sustitución cada vez por el esquema representado. De esta manera la utilización de subcircuitos que se repiten varias veces en nuestro diseño queda enormemente simplificada y el tiempo utilizado en el diseño se reduce drásticamente.